Un jeu chimique permet de généraliser la fondue à toute sortes de fromages. Les résultats sont meilleurs avec les fromages les + affinés.
Émules de l’inventeur inconnu de la fondue, les cuisiniers souhaitent "travailler" les fromages : en les chauffant et en les mélangeant à un liquide, par ex. du reblochon dans du jus de carotte, ils cherchent à constituer une phase macroscopiquement homogène.
La réussite n’est pas toujours au rendez-vous : sans précaution, une masse élastique et caoutchouteuse nage dans un liquide trouble…

Le phosphate de calcium, ciment du fromage
Le comportement des fromages se déduit de leur constitution : dans l’eau du lait, qui donnera les fromages, sont dispersés des "micelles de caséines" et des gouttelettes de m.g., les globules.
Ces micelles sont des agrégats de plusieurs sortes de protéines cimentés par des ions, phosphate, calcium ou citrate.
Les globules de m.g. sont enrobés d’une "membrane" faite de protéines et de lipides, qui assure leur dispersion dans l’eau.
Le lait est ainsi une solution, une suspension et une émulsion.
Le caillage du lait conduit aux fromages : l’ajout au lait de présure, une préparation enzymatique extraite de la caillette (le 4ème estomac) des veaux, modifie les micelles de caséines qui s’agrègent.
La masse qui résulte de cette agrégation renferme encore de l’eau, des protéines et des m.g.
On caille aussi le lait en faisant agir des micro-organismes qui transforment le lactose en acide lactique : cette acidification agrège les micelles, car les charges négatives des micelles de caséines sont neutralisés et ne se repoussent plus.
Ainsi, les fromages renferment principalement des caséines agrégées, de l’eau et de la m.g.

Lorsque la dégradation d’un sucre favorise le procédé
Lors de l’affinage, le lactose est transformé en acide lactique, les acides gras sont détachés des graisses.
Selon les fromages, 20 à 40 % des caséines sont transformées en protéines solubles ; aussi les fromages très affinés se dispersent facilement dans l’eau, formant des émulsions apparentées à la fondue, tandis que les fromages jeunes resteront en masse indésirable.
Pour obtenir de bonnes dispersions donnant des textures lisses, les fabricants de fromage tartinables chauffent les fromages en présence de "sels de fonte", lesquels contiennent des ions lactate, citrate ou phosphate.
L’acide citrique par ex., en se liant aux ions calcium, rompt les ponts calciques qui relient les sous-micelles en micelles, ce qui disperse les protéines du fromage dans la solution.
Toutefois l’acidité de l’acide citrique ayant l’effet inverse et provoquant la coagulation, les fabricants ajoutent des ions citrate sous la forme de citrate de sodium (E331).
En l'absence de citrate...
Comme les cuisiniers amateurs n’ont pas encore le citrate qui les aiderait a travailler les fromages, ils pourront employer du fromage fondu ou du fromage à tartiner qui contiennent précisément ces produits très efficaces.
Les cuisiniers plus traditionnels qui redoutent les MNI (Molécules Non Identifiées) des produits industriels utiliseront des moyens + "culinaires"  : par ex. du jus de citron qui contient de l’acide citrique, que le bicarbonate de sodium neutralisera, la combinaison des 2 permettant la dispersion des protéines.
Restera alors le problème de la dispersion des m.g. dans la phase aqueuse ou émulsification.
À cette fin, le cuisinier devra utiliser des molécules tensioactives : dans un fromage affiné, celles-ci abondent, car les protéines ont été dissociées, mais dans le fromage jeune, un émulsifiant alimentaire s’impose. La gélatine est un ingrédient de choix (il en existe bien d’autres).

Le cuisinier qui aura ainsi généralisé la recette de fondue pourra ajouter un dernier raffinement : il évitera la coalescence des gouttes de m.g. en augmentant la viscosité de la phase aqueuse.
L’industrie utilise des "hydrocolloïdes" qui se liant à beaucoup d’eau, en augmentent la viscosité : alginates, agar-agar, gomme arabique, pectines…
Plus simplement, 1 pincée de farine fera merveille.